Thomas Fischer wurde 1962 in Winterthur geboren und genoss seine erste musikalische Ausbildung auf der Querflöte und dem Es-Althorn. Während mehreren Jahren spielte er in verschiedenen Formationen, unter anderem in der Nationalen Jugend Brass Band.

An der Musikakademie Zürich (im Laufe der Zeit mit anderen Schulen zur ZHdK fusioniert) schloss er im Jahr 1987 sein Studium zum Blasorchesterdirigenten bei Heinrich Menet erfolgreich ab. Auch nach seinem Abschluss bildet er sich regelmässig weiter und verfeinert seine Dirigierkunst.

Seine erste Dirigentenerfahrung erlangte er bei der Jugendmusik und dem Musikverein Islikon-Kefikon, die er über 25 Jahre sehr erfolgreich leitete. Weitere Stationen bildeten unter anderem die Liberty Brass Band Ostschweiz, der Klarinettenchor VARIUS und das Jugendblasorchester Thurgau.

Seit 1999 ist er Dirigent der Jugendmusik Frauenfeld. Unter seiner Leitung hat die Jugendmusik Frauenfeld unzählige kleinere und grössere Auftritte an verschiedensten Orten und Anlässen absolviert und zahlreiche Erfolge an regionalen, nationalen und internationalen Wettbewerben verzeichnen können.

Zurzeit dirigiert Thomas Fischer in Frauenfeld mit den Starterkids der Jugendmusikschule, der Windband und dem Orchester der Jugendmusik und der Stadtmusik Blasorchester mit Mitgliedern im Alter zwischen 8 und 70 Jahren. Ausserdem ist er Dirigent der Brass Band Posaunenchor Flaach und betätigt sich regelmässig als Gastdirigent und Juryexperte an regionalen und nationalen Musiktagen sowie an Wettbewerben im In- und Ausland.